Pagatelia salvaguarda los fondos de los usuarios siguiendo el procedimiento establecido en el art. 10 a) de la Ley 16/2009, de Servicios de Pago, no mezclándose en ningún momento los fondos del usuario y los fondos de la entidad. Además, se depositan en cuentas separadas en entidades de crédito, a las que se informa de la naturaleza de estas cuentas para mayor seguridad. Estos fondos gozan de derecho de separación en un hipotético caso de insolvencia de la entidad.